Tras meses sin noticias de ellos, reaparecen en octubre del mismo año con el single Niji (que significa "arco iris" en japonés, como el nombre de la banda), y con un nuevo baterista, yukihiro, que colabora con ellos en este lanzamiento para más tarde ser presentado como miembro oficial de la banda. Dentro de la discografía de L'Arc~en~Ciel Niji es probablemente la canción más emblemática y querida, ya que relata desde el punto de vista de Hyde (compositor y letrista de la misma) los duros momentos vividos tras la marcha de Sakura y sus consecuencias. A finales de este año, L'Arc~en~Ciel da su primer concierto en el Tokyo Dome, el mayor y más prestigioso de los auditorios en Japón, llamado Reincarnation vendiendo las 56.000 entradas en tan sólo 4 minutos y batiendo el récord en ventas del hall.
Después de esta gran reaparición en los medios, L'Arc~en~Ciel viene a por todas, y nada más empezar el año 1998 lanzan su single winter fall con el que alcanzan por primera vez en su carrera el número #1 en el ránking Oricon. Este single se incluye junto al éxito Niji en su quinto álbum HEART, que vende un millón de copias sólo la primera semana. La época de oro de la banda sólo acababa de empezar.
Sin descanso, el grupo pone en venta un nuevo sencillo, DIVE TO BLUE, que es el punto de partida para otros muchos singles de gran éxito a lo largo de este año y el siguiente, destacando entre ellos a HONEY (primer single en superar el millón de ventas) o Driver's High (opening del anime GTO). Debido a la gran acogida de todos esos trabajos, el 1 de julio de 1999 salen a la venta dos nuevos álbumes a la vez: ark y ray, que venden más de 2 millones de copias cada uno. Éstos se lanzaron simultáneamente en 7 países de Asia (Taiwán, Hong Kong, Tailandia, Malasia, Singapur, Filipinas y Japón) y ambos ocuparon las primeras posiciones del ránking en su semana de lanzamiento, sentando otro récord. Ese mismo verano, L'Arc~en~Ciel pone en marcha el GRAND CROSS TOUR 1999, una serie de espectaculares conciertos que en sus últimas dos presentaciones acogió a más de 250.000 personas al aire libre en la bahía de Tokio; totalizando más de 650.000 personas en la gira con más espectadores hasta la fecha de la banda.
